De havens bestaan uit vijf havenarmen en bijna zeven kilometer kade. Op dit moment worden de Meson- en Protonhaven door de gemeente uitgediept tot vier meter vaardiepte, hetzelfde als op het Amsterdam Rijnkanaal. Later in het jaar worden ook de Kernhaven en het Uraniumkanaal op diepte gebracht. De verdiepingen moeten ervoor zrogen dat vanaf 2011-2012 grotere binnenvaartschepen met een diepgang van vier meter kunnen aanmeren. De werkzaamheden worden ondersteund met subsidies van verschillende ministeries, Europese Unie en regionale partijen.