De (vierbaans) N31 wordt over bijna twee kilometer lengte verdiept aangelegd, grotendeels op het bestaande tracé. De weg komt op een diepte van ongeveer 4,70 meter onder het maaiveld. Onderdeel van de verdiepte ligging is het aquaduct. De bestaande op- en afritten in Harlingen worden samengevoegd tot één centrale aansluiting, een zogenoemde ‘Haarlemmermeer’-oplossing, die gerealiseerd wordt ter hoogte van het gebied Spaansen/Perseverantia. De centrale aansluiting sluit aan op een nieuw aan te leggen verbinding, die tussen de huidige Stationsweg en de Grensweg, parallel aan het spoor, gaat lopen. De huidige Koningsbrug blijft gehandhaafd voor lokaal en langzaam verkeer. Met de realisatie van de traverse N31 Harlingen is het totale tracé tussen Zurich en Leeuwarden dubbelbaans uitgevoerd. De projectkosten voor deze voorkeursoplossing zijn geraamd op 140 miljoen euro.