Al ligt de CO2-uitstoot van de binnenvaart bijna drie tot zes keer zo laag als in het goederenvervoer over de weg, ook de binnenvaart ontkomt er niet aan; het moet groener en schoner. Ook op het gebied van de luchtemissies van fijnstof (PM), zwavel- (SO2) en stikstofoxiden (NOx) is nog veel verbetering mogelijk. Sinds kort is er voor de binnenvaart een nieuwe, schonere scheepsbrandstof op de markt: Shell GTL Fuel Marine. Deze synthetische vloeibare dieselbrandstof, gemaakt van aardgas, is inmiddels verkrijgbaar bij acht bunkerstations in Nederland.