Baalbergen was vier jaar beleidsmedewerker toen hij in 2005 directeur werd. Hij behartigde de belangen van de chartervaart op binnenwateren in de nieuwe Binnenvaartwet en stak veel tijd in de problemen op de Oostzee. Verder stond hij aan de wieg van een programma ter ontwikkeling van het ondernemerschap door middel van brochures, klantenonderzoek, cursussen en gastsprekers. Ook begon onder zijn leiding een juridische helpdesk voor leden en kwam een standaard boekingsovereenkomst tot stand.