Door het hoge water hebben vrachtschepen onvoldoende ruimte aan de bovenkant om onder bruggen door te varen bij de punten Maxau en Mannheim. Het scheepvaartverkeer op het noordelijke deel van de Rijn kan wel gewoon doorgaan, waaronder de vaarroutes bij Duisburg en Keulen.

De Rijn is de belangrijkste Europese waterweg voor goederenvervoer, waaronder dat van steenkool, olie, ijzererts en landbouwproducten. In het zuiden van Duitsland worden meerdere dorpen ontruimd om wateroverlast als gevolg van zware regenval. Ook in Oostenrijk zijn problemen ontstaan door de vele regen.