De EU-operatie is op 8 december 2008 van start gegaan. Hoofddoel van Atalanta is de bescherming van de humanitaire transporten van onder andere het World Food Programme (WFP) van de VN. Daarnaast zal er gesurveilleerd worden in gebieden met verhoogde piraterijdreiging en worden waar mogelijk schepen onder EU-vlag, schepen van niet EU-lidstaten die deelnemen aan de operatie en kwetsbare schepen geëscorteerd. Dit is de eerste keer dat de EU een maritieme operatie uitvoert. Naast Nederland dragen Frankrijk, het Verenigd Koninkrijk, Griekenland en Spanje bij aan de operatie. Overige landen van de EU en daarbuiten overwegen eveneens een bijdrage.