Het toegangskanaal is nu nog 9,6 meter diep, maar na het uitbaggeren moeten schepen met een diepgang van 12,5 meter bij hoog water de haven kunnen bereiken. Jan de Nul dient verder de rotsformatie Los Goles bij de ingang van het toegangskanaal weg te halen, alsmede het scheepvaartkanaal in de Guayas rivier op diepte te brengen.
Andere nog te verichten werkzaamheden zijn het opzetten van een VTS, een verkeerscontrolesysteem en een tolheffingssysteem.